국방부는 서 장관의 지시로 지난달 1일 합동수사에 착수했다. 국방부가 38일 만에 중간수사결과를 발표했지만 대부분 이미 언론과 유족 측 주장으로 제기된 성추행과 2차 가해 사건의 실체를 확인하는 데 그쳤다. 특히 초동수사나 이에 대한 책임이 있다고 지목된 공군 법무실장 등 ‘실세’에 대한 수사 결과는 ‘아직 수사 중’이라고 밝히면서 ‘봐주기 수사 아니냐’는 비판 여론이 일었다.
군인권센터는 국방부 중간수사결과 발표 사흘 뒤인 12일 기자회견에서 “군사경찰의 초동 수사는 국방부 발표와 달리 부실수사가 아니라 조직적 사건 축소·은폐로 명명돼야 한다”고 군 당국이 제식구 감싸기를 하고 있다며 강하게 비판했다.