정부의 입장에 대해 변씨를 지원하고 있는 군인권센터 측은 강하게 반발했다. 김형남 군인권센터 사무국장은 "정부가 육군본부 군인사소청심사위원회에서 변씨의 전역처분 취소 신청을 기각할 때 군이 제기한 주장을 그대로 반복하고 있다"라며 "반박을 위해 다시 의견서를 유엔 측에 보낼 예정"이라고 설명했다.
김 사무국장은 "여행을 신청할 때 목적을 밝히게 돼 있는데 여행만 승인했고 수술은 그것과 관련 없다는 주장은 말이 안 된다"라며 "변 전 하사가 수술 전 1년여 전부터 호르몬 치료를 받으며 임무를 수행했는데 이를 이유로 전역 조치했다는 것도 앞뒤가 맞지 않는다"고 지적했다.
아울러 '변 전 하사 스스로도 전역 가능성을 알고 있었다'는 정부의 주장에 대해 김 사무국장은 "수도병원에서 군의관이 수술 후 회복이 더디면 부적합 판정을 받을 수 있다고 이야기한 것일 뿐"이라며 의사로서 조언이지 직접 지휘계통에 있는 상관에 의해 전역 가능성을 통보받은 것은 아니라고 재반박했다.
마지막으로 김 사무국장은 변씨가 호르몬 치료부터 수술, 회복 과정에 있어서 모두 상부에 보고를 해왔다며 "그때까지는 아무런 지시나 권고가 없다가 수술을 받고 돌아오니 한달만에 전역을 시킨 것은 문제가 있다"고 지적했다.