또한 유가족들은 앞서 지난 9월 인권위가 해병대 채모 상병의 순직 사건 수사단장을 맡았던 박정훈 대령의 긴급 구제를 기각한 것에 대해 항의하기 위해 인권위를 방문했고, 군인권보호관인 김 위원의 사퇴를 촉구하기도 했다.
군인권센터 측과 유가족들은 고 윤 일병 사건 관련 진정을 각하한 것, 그리고 이번 수사의뢰를 한 것 모두 김 위원의 보복성 행동이라고 주장하고 있다. 유가족들이 박 대령 사건과 관련해 자신을 비판하고 나선 것에 앙심을 품고 보복에 나섰다는 것이다. 군인권센터 측도 3일 입장문을 내고 “(김 위원이) 진정 사건과 관련해 보복한 탓에, 위원장을 만나러 온 유가족들을 볼 낯이 없어 방을 나오지 않고 감금 당한 피해자 행세를 하고 있다”며 “황당한 행태”라는 반응을 보였다.
반면 김 위원은 이 같은 주장에 대해 “전혀 근거가 없는, 말도 안되는 주장”이라며 “위원실 불법 침입과 난동, 감금은 인권위 현직 과장이 범행에 가담한 충격적인 공직기강 문란 사건이다. 강한 처벌을 원한다”고 말했다.